三方协议关于违约金的约定一般是有效的，毕竟你的违约行为也造成了用人单位的损失，但是也应考虑金额的合理性，7000元的标准已与实际脱节，建议与农行协商赔偿金额，3000元为宜，鉴于你是学生，超过这个金额的部分，法院考虑实际情况一般都不会支持的。

参加农业银行校招在签三方协议时，将你要考研的情况反映给他们，应该需要缴纳违约金的。